Dans un monde futuriste contrôlé par internet, Motoko Kusagani, une cyberpolicière, et Batou, deux cyborgs appartenant à une brigade anti-terroriste, doivent mettre la main sur un pirate informatique insaisissable connu sous le nom de “Puppet Master”. Mais un diplomate corrompu est également intéressé par les capacités du pirate et met des bâtons dans les roues du duo...